Аграрные реформы и развитие системы образования при императоре Александре II способствовали зарождению эстонского национального движения. Ярким представителем такого движения стал Якоб Хурт (1839—1906) — основатель национальной идеологии, считавший, что миссия движения должна быть культурной, а не политической. Более радикальное направление возглавлялось Карлом Робертом Якобсоном (1841—1882), педагогом, писателем, журналистом, основателем первой политической эстонской газеты «Сакала» (выходила с 1878 по 1882 годы). Сформулированная им политическая программа требовала равных прав для немцев и эстонцев. Он отмечался российским правительством, как главный противник балтийских немцев в Эстляндской губернии.

Общество эстонских писателей (1872—1893), основанное в Дерпте (Тарту), и объединявшее эстонских интеллектуалов, организовало сбор фольклора и этнографических материалов и их публикацию на эстонском языке. С 1870 года был образован первый эстонский театр — «Ванемуйне» (эст. «Vanemuine»). Следуя немецким традициям, в 1869 году был организован первый Певческий праздник — фестиваль песни, собравший более тысячи певцов и музыкантов, и аудиторию свыше 12.000 человек. Этот фестиваль, проходящий каждые 4 года, и сегодня является одной из самых известных традиций Эстонии.

В конце XIX века, из-за усиления Германии, царское правительство начало проводить политику снижения немецкого влияния, названную политикой русификации. В 1882—1883 годах российский сенатор Николай Манасейн организует ревизию в прибалтийских губерниях. Ревизия показала, что остзейские немцы до сих пор господствуют в административных органах, экономической и политической сферах. Были проведены реформы, после которых практически вся административная власть была сосредоточена в руках русских. Но реформы так и не были завершены — большинство чиновников не было знакомо с местными условиями и не знало эстонского языка. Таким образом, влияние остзейских немцев осталось неизменным вплоть до 1917 года.

В 1897 году население Эстляндской губернии и северных уездов Лифляндской губернии (с преобладающим эстонским населением) составило 958 000 человек, 90 % — эстонцы, около 4 % — русские и 3,5 % — остзейские немцы. Около 65 % населения были заняты в сельском хозяйстве, 14 % работали в индустриальном секторе и строительстве и около 14 % были заняты на транспорте и в сфере обслуживания. Балтийские немцы и русские оставались интеллектуальной, экономической и политической элитой общества. В 1914 году в рядах русской армии служило 140 кадровых офицеров эстонской национальности, в сражениях Первой мировой войны участвовало около ста тысяч эстонцев[источник не указан 514 дней], и 2 тысячи из них получили офицерские звания. Семь старших офицеров командовали полками, 17 — батальонами, 13 — имели академическое военное образование, 12 — имели звание полковников, 28 — подполковников, трое служили во время войны начальниками штабов дивизий. Во время Первой мировой войны за храбрость и умелое руководство боевыми действиями 333 офицера-эстонца были награждены орденами, в том числе 47 — орденами Святого Георгия. Получил этот орден за личную храбрость и будущий герой Освободительной войны Юлиус Куперьянов, награжденный еще пятью орденами: св. Анны трех степеней и св. Владимира двух степеней.

Под влиянием революционного движения в Российской империи в 1905 году в Эстляндской губернии прокатилась волна массовых забастовок рабочих. Эстонская национальная буржуазия выступила с требованием проведения либеральных реформ. Организованные выступления рабочих возобновились в 1912 и особенно с 1916.