Здесь располагалось первое укреплённое поселение немецких купцов. Немецкое название Икскюль (нем. Uexküll) точно отражало этимологию названия — на ливском и эстонском языках это дословно означало üx, ix — один, первый и küll, kile — деревня.

В конце XII века здесь, стоявший во главе христианской миссии каноник Зеберского монастыря епископ Майнхард, построил в 1185 году замок, а в 1186 году церковь. Строительство вели специалисты из Готланда. Эти строения были древнейшими каменными строениями во всей Латвии. В 1201 году епископ Альбрехт перенёс свою резиденцию из Икшкиле в Ригу[1]. В 1286 году близ Икшкиле состоялось крупное сражение между земгалами и рыцарями Ливонского ордена. В 1700 году в Икшкиле польско-саксонское войско встретилось здесь с войсками шведского военачальника Веллинга.

После строительства в 1966—1974 гг. Рижской ГЭС развалины замка ныне находятся на острове посреди реки Даугава (на водохранилище Рижской ГЭС), а от стен церкви на поверхности виднеется только верхняя часть.

Во время Первой мировой войны, во время отступления русских войск, Искульский плацдарм (от острова Доле до устья реки Огре) или «Остров смерти» — стал местом подвига двух рот российской армии, преградивших путь противнику к переправе, он затем удерживался в течение 2-х лет, а обе стороны несли большие потери. В Икшкиле на кладбище сохранился памятник погибшим на «Острове смерти».

5 февраля 1926 года в районе Икшкиле в поезде Рига-Москва был убит советский дипкурьер Теодор Нетте. На железнодорожной станции Икшкиле установлен памятный знак.