Илуксте впервые упоминается около 1550 года как местечко на землях Шлосcбергского имения графов Зибергов. Ремесленно-торговое местечко было основано на правом берегу реки Лукшта (Лукста, ныне Илуксте), от которой местечко получило своё название. До 1795 года Илуксте входило в состав Курляндского герцогства, вассального государства Речи Посполитой. Первое учебное заведение в местечке — латинская школа — открыта в 1596 году. В 1754—1769 годах иезуитами была построена новая католическую церковь в стиле барокко, которая до разрушения в Первой мировой войне явлалась одним из крупнейшех католических храмов Балтии. С 1795 года Илуксте является центром Иллукстского уезда Курляндской губернии России.

В годы Первой мировой войны в 1915 году сильно пострадал от военных действий при обороне Двинска, 10 октября 1915 года оставлен Русской армией после уличных боев с немецкими войсками, фронт установился восточнее Иллукста и позиционно простоял в 1915—1918 годах. В ходе военных действий была разрушена католическая церковь, монастырь и жилые дома. В 1917 году местечку присвоен статус города.

После образования Латвийской Республики город был переименован в Илуксте. В 1-й республике был уездным городом, центром Илукстского уезда. В июне 1941 года занят германскими войсками, в июле 1944 года освобожден. С 1 января 1950 года являлся центром Илукстского района. После укрепнения районов 18 декабря 1962 года[1] вошёл в состав Даугавпилсского района. В 2003 году во время латвийской административно-терриоториальной реформы в составе Даугавпилсского района был образован Илукстский край с центром в Илуксте.