Шведское господство оспаривалось Речью Посполитой в войне 1654—1660 годов и московским государством в войне 1656—1661 годов, но Швеция сохранила свои позиции в Эстляндии до конца века. Население Эстляндии восстановилось до 400 000 человек.

С конца XVII века получило распространение школьное обучение на эстонском языке. В 1684 году при поддержке шведской королевской власти близ Дерпта была открыта учительская семинария, где преподавал Бенгт Готтфрид Форселиус. В годы Великого Голода (1695—1697), из-за неурожайных лет, население сократилось приблизительно на 70 000 человек. Около 6 процентов населения Эстляндии проживало в 10 городах, крупнейшими из которых были Ревель (Таллин), Дерпт (Тарту), Нарва, Аренсбург, Пернау, Феллин.