В 1561 году шведская армия высадилась в Ревеле и взяла под контроль северную часть средневековой Ливонии.

В ходе Ливонской войны русские войска подступали под стены Ревеля по приказу царя Ивана Грозного дважды: в 1570 и 1577 году, но оба раза осада окончилась ничем. К моменту окончания Ливонской войны население на территории современной Эстонии сократилось до 120 000—140 000 человек. Россия уступила все захваченные в Ливонии территории Речи Посполитой (договор подписан в 1582 году) и Швеции (договора 1583 и 1595 годов).

В начале XVII века борьба за Прибалтику между Швецией и Речью Посполитой продолжилась, и по условиям завершившего её Альтмаркского перемирия 1629 года к Швеции отошло целиком всё Лифляндское герцогство (включавшее современную Южную Эстонию и Северную Латвию). После поражения в войне 1643—1645 годов Дания уступила контроль над Эзелем и Швеция владела всей современной территорией Эстонии.