На месте Екабпилса существовало поселение латгалов, прежде чем здесь в 1237 Ливонским орденом был построен каменный замок. Археологические раскопки вокруг фундаментов замка свидетельствуют о том, что в его окрестностях находилось довольно многолюдное торговое селение, называвшееся Крустпилс. Оно многократно разрушалось во время войн, в особенности польско-шведских, но каждый раз вновь восстанавливалось.

Во время XVII века преследуемые русские старообрядцы стали селиться вдоль Западной Двины. В 1670 постоянно растущий город стал называться Екабпилсом или Якобсштадтом в честь давшего ему городские права Якоба Кеттлера, великого герцога Курляндского. Существует легенда, что в Екабпилсе в 1683 году родилась будущая русская императрица Екатерина I.[источник не указан 65 дней]

Во времена царской России Крустпилс входила в состав Витебской Губернии.

В 1962 году Екабпилс и Крустпилс объединились в один город.

Военно-воздушная база

Во время Советской власти возле Екабпилса находился советский военный аэродром, где дислоцировался авиаполк из двух эскадрилий. Эскадрильи из Екабпилса, на вооружении которых находились сначала поочередно, а с середины 80-х годов прошлого столетия совместно многофункциональные самолеты МиГ-17 и Су-24, принимали участие в боевых действиях в Афганистане. После вывода советских войск из уже независимой Латвии в середине 1990-х аэродром был заброшен. Часть его территории сейчас (2009 г.) занимает Екабпилсский асфальто-бетонный завод.

Также в черте города находились Государственные Армейские Склады (ГАС), откуда снабжались всем необходимым другие воинские части Советской Армии на территории Латвии.