12 января 1991 года Председатель Верховного Совета РСФСР Борис Ельцин совершил визит в Таллин, в ходе которого подписал с Председателем Верховного Совета Эстонской Республики Арнольдом Рюйтелем Договор об основах межгосударственных отношений РСФСР с Эстонской Республикой. В статье I Договора стороны признали друг друга независимыми государствами. В статье IV Договора содержалось положение о том, что стороны признают «за.�ре�жданами другой Договаривающейся Стороны, а также лицами без.�ре�жданства, проживающими на ее территории, независимо от их национальной при�аде�ежности» право на «выбор.�ре�жданства согласно законодательству страны проживания и Договору, заключенному между Российской Советской Федеративной Социалистической Республикой и Эстонской Республикой по вопросам �ре�жданства.»[64]

28 января 1991 года Президент СССР Михаил Горбачёв подтвердил конституционное право выхода Эстонской ССР (и остальных союзных республик) из СССР.

3 марта состоялся референдум по вопросу независимости Эстонской Республики, в котором приняли участие лишь правопреемные граждане Эстонской Республики (в основном эстонцы по национальности), а также лица, получившие так называемые «зелёные карточки» Конгресса Эстонии (условием получения карточки было устное заявление о поддержке независимости Эстонской Республики. Было выдано около 25.000 карточек, их обладателям впоследствии было предоставлено гражданство Эстонской Республики). 78 % проголосовавших поддержали идею национальной независимости от СССР.

Эстония бойкотировала состоявшийся 17 марта Всесоюзный референдум о сохранении Союза ССР, но в северо-восточных районах, населённые преимущественно русскими, местные власти организовали голосование. В этих районах в референдуме приняло участие 74,2 % избирателей, 95,0 % из которых проголосовало за сохранение СССР.

В начале переворота 19 августа ГКЧП в спешном порядке направил на территорию Эстонии дополнительные войска из Пскова, однако их колонна, дойдя до Таллина, не предприняла никаких действий. На следующий день тысячи людей собрались в Таллине на Тоомпеа, сооружая баррикады в защиту местной власти.

20 августа 1991 года Верховный Совет Эстонии принял резолюцию «О государственной независимости Эстонии». 23 августа в Таллине была сброшена с постамента статуя Ленина, стоявшая перед зданием Центрального комитета Коммунистической партии Эстонии.

6 сентября Государственный Совет СССР официально признал независимость Эстонии. Согласно официальной позиции Эстонии, 20 августа 1991 года была восстановлена независимость Эстонской Республики, провозглашенной 24 февраля 1918 года.

К концу 1991 года дипломатические отношения с Эстонской Республикой установили многие страны, включая США, Великобританию и Канаду.

17 сентября 1991 года Эстония стала полноправным членом ООН.

Последние части российской армии были выведены из страны 31 августа 1994 года.

26 июня 1999 года на таллинском VIP-кладбище Метсакальмисту был в торжественной обстановке перезахоронен прах [65] Альфонса Ребане, штандартенфюрера СС, некоторое время исполнявшего обязанности командира 20-й гренадерской дивизии СС в марте 1945 года. Перезахоронение было организовано правительством Эстонии.

29 марта 2004 в Вашингтоне были депонированы ? документы о вступлении Эстонии в НАТО, а 2 апреля в Брюсселе подняты флаги новых членов альянса.

1 мая 2004 года Эстония, вместе с другими семью государствами Центральной и Восточной Европы, Кипром и Мальтой, вступила в Европейский союз.

В мае 2005 года Европарламент принял резолюцию по поводу 60-летия победы над фашизмом, в которой осудил «сталинскую оккупацию» части Европы.

В июне 2005 года Сенат и Конгресс США приняли резолюции, в которых потребовали признания Россией факта оккупации прибалтийских стран.

22 июня 2005 года Парламентская ассамблея Совета Европы приняла резолюцию по вопросу выполнения Россией условий членства в этой организации. В пункте 14-IV резолюции ПАСЕ требует скорейшей выплаты компенсации жертвам оккупации прибалтийских государств.

26−29 апреля 2007 года произошли массовые акции [[Г�е�жданское неповиновение|�ре�жданского неповиновения]][66] в Таллине и городах уезда Ида-Вирумаа, спровоцированные действиями правительства Эстонии по переносу памятника «Воину-освободителю» («Бронзовый солдат») и «археологическими раскопками»[67] с переносом на кладбище воинского захоронения. Акции неповиновения сопровождались погромами и �ре�бежами.