Российская империя

С XIV века на полуострове жили шведские поселенцы и была построена небольшая крепость.

23 июля 1718 года в заливе Пакри Пётр I лично основал военный порт при котором возникло поселение. С 1723 официально назывался Рогервик (швед. Rågervik), в 1762—1922 — Балтийский Порт, в дальнейшем Палдиски.

Строительство порта и крепости проходило в период 1716—1726 годов, после смерти Петра I было приостановлено. На полуострове Пакри и на острове Малый Рооге для Петра I был построен дом. Остатки Петровской крепости и доков видны и сейчас. Пётр I сам составил проект и чертеж защитного мола порта. Им же были намечены места расположения для купеческой гавани, города и адмиралтейской верфи.

22 октября 1724 года построен маяк Пакри. Он является одним из старейших маяков Балтийского моря.

В 1728 году была сооружена деревянная церковь.

в 1762 широкомасштабное строительство возобновлено Екатериной II. Руководителем работ назначен генерал-фельдмаршал граф Миних.

20 августа 1762 года город Рогервик переименован в Балтийский Порт. В июле 1764 года город посетила Екатерина II. 18 ноября 1768 года на докладе Сената о судьбе порта Екатерина II приказала работы по достройке остановить, сконцентрировав все усилия на постройке Кронштадта.

В 1770 году по велению Екатерины II для детей солдат, офицеров, ремесленников и купцов была открыта первая школа[3].

В 1775 году в Балтийский порт был сослан вместе с отцом Юлаем Азналиным и 29 ноября 1775 прибыл участник пугачевского восстания, башкирский национальный герой, Салават Юлаев. Он умер во время каторги 26 сентября 1800 года и похоронен в Палдиски. На территории городского парка ему установлен памятник.

Железнодорожная станция Палдиски в 1999.

В 1787 году Балтийский Порт получил статус уездного города.

В 1784—1787 годах по проекту архитектора Иоганна Мора была сооружена каменная Георгиевская церковь. В конце XIX века её перестроили по проекту архитектора Эдельсона.

В 1870 году до города построили Балтийскую железную дорогу Балтийский Порт — Ревель — Санкт-Петербург.

В 1876 г. в городе было открыто мореходное училище, которое впоследствии получило собственное здание. Первым руководителем мореходного училища был А. Фельдхун, выпускник Рижского мореходного училища. В училище за 1876—1897 гг. было 463 учащихся. В нём был самый высокий уровень преподавания из всех мореходных училищ, находившихся на территории Эстляндской губернии[4].

В июне 1912 года, в гавани Балтийского порта состоялась встреча Императора Николая II и кайзера Вильгельма II, приплывших на яхтах «Штандарт» и «Гогенцоллерн».

В период Первой мировой войны город стал ареной военных действий. В 2 часа 30 минут 11 ноября 1916 года немецкие эсминцы Х германской флотилии в течение получаса обстреливали из орудий Балтийский порт. По портовым сооружениям, а потом по городу было выпущено 162 фугасных и шрапнельных снаряда. Повреждено 24 здания, в том числе вокзал и вышка поста наблюдения, погибли 10 человек, из них 8 мирных жителей[5].

Первая эстонская республика

В 1922 году в период первой эстонской республики городу дали новое имя Палдиски.

В октябре 1939 года Советский Союз по соглашению с эстонским правительством на правах аренды разместил в Палдиски военную базу. К началу боевых действий Великой Отечественной войны на территории Эстонии в 1941 году на полуострове Пакри и островах Пакри были установлены батареи береговой обороны. Порт использовался для размещения военных кораблей. Был построен военный аэродром.

Советский период

В период Второй мирой войны стал одним из мест эвакуации советского флота из Рижского залива. Занят немецкими войсками 28 августа 1941 года. При отступлении советских войск были взорваны батареи береговой обороны[6] Во время немецкой оккупации на полуострове находилась военно-морская база и существовала школа немецкой разведки абвера.[7]. Освобождён 24 сентября 1944 года десантом Балтийского флота в ходе Таллинской операции.

21 ноября 1956 года в Суурупском проливе произошло столкновение подводной лодки М-200 «Месть» 157-й отдельной бригады подводных лодок Балтийского флота с эскадренным миноносцем «Статный». Спасательная операция прошла неудачно — погибло 28 подводников.

Заброшенный учебный центр («Пентагон»)

В 1962 году в Палдиски открылся учебный центр атомного подводного флота СССР. Здесь было установлено два наземных атомных реактора, работали в центре 16 000 человек. Это был крупнейший учебный центр такого рода в Советском Союзе. Из-за его значимости весь город был огорожен колючей проволокой до августа 1994 года, когда Палдиски покинул последний российский военный корабль[8].

В 1964 году город стал центром подготовки экипажей атомных подводных лодок.

В городе, ставшем одним из двух закрытых административно-территориальных образований на территории Эстонской ССР, были размещены база подводных лодок («Подплав»), учебный атомный реактор, стоянка торпедных катеров и малых ракетных кораблей, госпиталь и поликлиника. В городе базировались 157-я отдельная бригада подводных лодок, погранзастава, штаб погранотряда, рота военных строителей, ракетное подразделение ПВО и дисциплинарный батальон Балтийского флота.

Учебный центр в Палдиски обладал двумя действующими реакторами подводных лодок первого и второго поколений, а также уникальным тренажёром для подготовки экипажей атомных подводных лодок.

Территория полуострова Пакри, на котором расположен город, была огорожена колючей проволокой и являлось закрытой особо охраняемой зоной.

Вторая эстонская республика

30 августа 1994 года Палдиски покинул последний российский военный корабль. Город был последним объектом расположения Российских вооруженных сил в Эстонии. 26 сентября 1995 года был подписан акт о передаче ядерного объекта в Палдиски Эстонии. Перед сдачей российские специалисты извлекли из реакторов топливные стержни, реакторы были заключены в специальные бетонные саркофаги.

В период с 15 мая 1994 года Палдиски был включён в состав города Кейла. Это было обусловлено малым процентом граждан Эстонии в составе населения. 20 октября 1996 Палдиски были возвращены права города.