Первое упоминание в письменных источниках относится к 1377. Городские права предоставлены в 1581.

В первые же дни Великой Отечественной войны 22-23 июня 1941 года в районе Алитуса произошло крупное танковое сражение.

Во время Второй мировой войны в Алитусе расстреляно около 10-20 тысяч евреев (точное число не известно [1]; детальных исследований никогда не было, а в разных источниках упоминаемое число — 60 тысяч [2] — сомнительно, так как ни в Алитусе, ни в радиусе 50 км столько евреев никогда не жило. О расстреле привезенных евреев никаких данных нет, а концлагерей вблизи тоже не было). С июля 1941 по апрель 1943 на территории казарм действовал концентрационный лагерь военнопленных «Сталаг-343». С мая 1943 по июль 1944 здесь же находился лагерь для перемещённых лиц, главным образом из западных областей России. Часть пленных использовалась на сельскохозяйственных работах в усадьбах литовских крестьян. Судя по архивным данным, в лагере погибло около 2 тысяч советских военнопленных и гражданских лиц. На месте братских могил создан мемориал с белым обелиском в центре (ныне на территории Алитусского городского парка).[3]

В июле 1944 при штурме города и форсировании реки частями 11-й гвардейской армии погибло много солдат и офицеров. После войны в сквере на улице Улону было оборудовано кладбище с захоронениями 2 891 советского воина, среди них 6 Героев Советского Союза.[4] (гвардии полковник Г. Емельянов, гвардии старший лейтенант В. Калинин, младший сержант Н. Никонов, рядовой А. Тихоненко, старший сержант И. Тонконог, младший сержант А. Ахмедов).